目前市场冻干机的的控制系统分为两种一种是手动，另一种是自动，针对机器的不同选择不同的控制系统，手动适用于全部的冻干机控制，而自动控制就不同。例如：实验室用的小型钟罩式冻干机就不适宜用自动控制系统，因为预冻结段和抽真空阶段是需要手动来完成的，
一、对于冻干机的自动控制系统
许多冻干机带有自动控制系统，并同时兼备有手动控制功能，但自动控制的方式上各制造厂之间有很大的差别，用户必须弄清楚。
所谓冻干机的自动控制应该包括二个部分，一是冻干机的各设备按冻干工艺要求在规定的时间自动走停，二是冻干箱板层温度按冻干曲线要求自动跟踪，整个冻干进程不需要人工操作，当然如果需要也可人工干预。但有些冻干机的自动控制是不完全的，仅能自动跟踪冻干曲线，其余部分需人工操作。
有些冻干机的自动控制仅能到冻干结束，冻干结束之后的箱内压塞、冷凝器除霜以及蒸汽消毒不能自动进行，需要人工操作，特别是蒸汽消毒部分，因涉及到许多阀门控制，人工操作比较麻烦，应该选择自动消毒程序的冻干机。有些冻干机的自动控制是使用专用微机，操作、编程方便，显示的语言是冻干专用语言，还带有荧光屏，打印机和软盘，能同时储存几十个冻程序，每个程序内容可显示，整个程序内容可由打印机打出。而有冻干机的自动控制使用的是一种仪表，操作、编程均较麻烦，可储存的冻干程序也较少。记录仪表对冻机来说也是一个很重要的仪器，它能把整个冻干的实际过程真空地记录下来，以便日后存查，记录仪表大都采用多点记录仪，它既能打点，又能直接进行文字记录，还有数字显示系统。用户应了解清楚之后，根据具体情况选订。
二、冻干机的中间取样装置，共晶点测定装置，自动进出箱装置和冷却水装置
有些厂家的冻干机可以安装中间取样装置，在冻干机过程中不破坏真空的情况下取出样品进行观察和测试，以决定冻干工艺。
有些厂家的冻干机配备有共晶点测定装置，可以在预冻过程中测知产物的共晶点，在升华过程中监视产物是否发生熔化。
有些厂家的冻干机可以配备自动进箱和出箱的装置，以减轻营劳动力，并保证产物不被污染。 有些中小型的冻机，用风冷不合适，配上冷却塔循环又麻烦，则可以配备冷却水循环装置，这种装置内部装有水泵，水箱和冷冻机，它可与冻干机需要冷却水的部份构成循环，由冷冻机维持所要求的水温。
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